根据以上分析笔者认为非流通股东在计算股权分置流通权的成本时应该在现行的计算方法下进行修正。计算股权分置流通权成本或收益的一种比较合理的办法是以股权分置改革时每股的账面价值作为基准来计算，即股权分置流通权成本应该是方案确定时长期股权投资账面价值与认购权证行权价之差额部分。在发行认购权证的情况下，当认购权证行权价大于所行权权证对应的股权投资帐面价值部分时，则说明非流通股东因权证持有人行权而取得了该部分差额的投资收益，这可以把它看成是非流通股东以高于其每股账面价值的售价出售其股权；而当行权价小于行权权证所对应的股权投资帐面价值部分时，则流通权成本为正，说明非流通股东是以低于其每股账面价值出售了股权。相反，在发行认沽权证的情况下，认沽权证行权价大于相应股权账面价值的部分作为股权分置流通权成本，如果认沽权证的行权价小于相应股权账面价值的部分，则不存在股权分置流通权的成本。
例如在上例中根据修改的股权分置流通权成本计算的办法，Y公司的股权分置流通权成本=（股改时每股净资产－确定的认购权证行权价）×所行权的股份数=（3－4）×800=－800万元。由于计算的流通权成本为负数，所以该例的股权分置流通权的成本实际上是通过股权分置改革而获得的一项收益，但800万元的收益在股权分置改革发放权证给流通股东时并未实现，到行权时这800万元的收益中，其中580万元为发放权证给流通股东至行权时上市公司实现的利润中属于非流通股东的那一部分，该部分已计入投资收益之中，另外320万元为行权行权价与股票行权日账面价值的差额。合理的做法是在非流通股东备兑了800万股的X公司股票后Y公司应编制会计分录：借记“银行存款3200”，按结转的长期股权投资账面价值，贷记“长期股权投资2880”，（其中“投资成本800”，“损益调整1680”，“股权投资准备400”），按上述两个科目余额之差，贷记“投资收益320”。这320万元的投资收益可以理解为非流通股东实际上是以4元的价格向流通股东出售了每股账面价值3.6元的800万股X公司的股票，实现投资收益320万元。
另一个问题是在采用发行权证方式进行股权分置改革中，非流通股东将权证按一定的价格出售给流通股东的方式下，在行权时对所收取的权证发行费该如何处理的问题。18号文虽然对行权时权证费的处理方式作了规定，但对权证的不同行权方式的规定存在不一致。根据18号文的规定，在收取权证费的情况下，认购权证持有人行使认购权向非流通股东购买股份时，非流通股东按收取的价款，借记“银行存款”科目，按行权价低于股票市场价的差额，借记“股权分置流通权”科目，按行权部分所对应全部发行权证的比例金额，借记“应付权证”科目，按减少股份公司所对应的长期股权投资账面价值，贷记“长期股权投资”科目，按其差额，贷记或借记“投资收益”科目。由此可见该种情形下收取的权证费是计入“投资收益”科目中的。但当认购权证持有人行使认购权，要求以现金结算行权价低于股票市场价格的差价部分时，18号文又规定将所结转的“应付权证”余额作为“股权分置流通权”的减项处理，在认购权证没有行权的情况下，“应付权证”余额也是作为“股权分置流通权”的减项处理的。另外，在对认沽权证的规定上也存在这个问题，根据18号文的规定，认沽权证持有人行权时，企业应按行权价高于股票市场价格的差额，借记“股权分置流通权”科目，按照行权部分所对应的全部发行权证的比例计算的金额，借记“应付权证”科目，按照支付的价款，贷记“银行存款”科目，按其差额，借记“长期股权投资”或“短期投资”科目，即所结转的“应付权证”余额作冲减股权投资成本处理。在认沽权证持有人行使出售权，要求以现金结算行权价的差额部分的，应按照行权部分对应全部发行权证的比例计算的金额，借记“应付权证”科目，按照实际支付的金额，贷记“银行存款”科目，按其差额，借记“股权分置流通权”科目；在认沽权证存续期满，“应付权证”科目的余额作冲减“股权分置流通权”科目处理。由上述规定可以看出，18号文中对六种情形下“应付权证”的处理规定实际上是处于一个处理方法不一致的状况中。
笔者认为在采用收取一定的费用发行权证进行股权分置改革的情况下，在权证持有人行权时，各种情形下的“应付权证”余额的处理方法应该保持一致。在进行股权分置改革采用向流通股东发放权证方式的情况下，收取的权证费的高低与股权分置流通权成本割裂开来也是不合适的。在其他条件不变的前提下，非流通股东向流通股东收取的权证费用越高，说明其在股权分置改革中所付出的代价就越小，流通权的成本就应该越低，相反，则股权分置流通权的成本就越高。所以，笔者认为应该将收取的权证费用作为股权分置流通权的减项处理才是合理的，在将“股权分置流通权冲减至零后如果还有余额，再将该部分余额计入投资收益。
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