会计信息系统E化后，在企业内部和企业之间，从交易的达成到产品的生产、原材料的供应、贸易伙伴之间单据的传输，货款的清算等均实现了一体化的信息处理。在电子商务系统中，一笔交易所涉及的各种原始记账凭证，如：企业之间进行交易的客户的订单、企业的发货单、发票、支票、电子货币或收付凭证；企业内部记录业务的内部原始单据，包括领料单、入库单、验收单等原始凭证，都以电磁信息的形式在网上传递并存储于磁性介质中，企业各部门按统一的格式在网上填写各种单据，并由计算机生成相应的单据式文件。这种文件的统一格式是可以被会计部门计算机处理系统识别，并能由计算机自动生成会计分录的格式。
各部门在交易的同时，将其生成的单据式文件传送至会计部门。会计部门相关的人员在网上打开电子邮箱，获取其他部门传送来的原始凭证，并由计算机按事先编好的程序，自动地产生会计分录，并编制电子记账凭证、登记电子账簿、编制电子报表。当然，它所遵循的依然是复式借贷记账原理。在此，再一次强调会计准则国际化的重要性，因为它是按标准填制单据的依据，是实现基于Web自动生成会计凭证的基础。只有按统一的会计制度编制的软件系统，才能实现对基于互联网的电子支票、电子凭证进行自动输入记账。
四、E化会计信息系统在我国面临的问题及发展对策
电子商务的发展促使会计信息系统的发展必须适应未来会计复杂化、多样化以及网络化的需求，E化会计信息系统是传统会计发展的必然趋势。我国的会计电算化是从80年代开始起步的，而电子商务在中国的兴起仅有几年。1993年，我国开始启动作为电子商务基础和重要内容的金卡、金税、金关工程，1996年，外贸部成立中国国际电子商务中心；1997年，出现网上购物及中国商品订货系统；1999年兴起政府上网、企业上网。目前，我国电子商务已经在税务、金融、保险、海关、证券、药材等行业得到应用，这就为会计系统的E化提供了基础。目前，我国E化会计信息系统还处在起步阶段或初始阶段，该系统的发展还面临着一些问题需要解决。
（一）网络技术与网络基础设施
E化会计系统的发展首先有赖于企业的信息化程度。我国因计算机在会计中的应用还尚浅，会计电算化还不完善，企业内部网、外部网的全面建立还不能实现，还不能广泛地利用互联网与国内、外企业进行交易。因此要实现基于电子商务的E化会计信息系统的硬件资源还达不到要求。这就需要在政府的大力支持下，企业积极开展网络化设施建设。
（二）软件
由于电子商务是在虚拟的网络空间进行的，涉及到的是非基于纸张的信息存储办法，因此，必然存在单据电子化、会计信息的动态核算、协同处理及远程报表与远程报账等方面的问题，这就要求提供功能强大的网络财务软件，实现远程报表、远程报账、查账，网上支付，网上催帐、网上报税等。这种软件必须以整合实现企业电子商务为目标，能够提供互联网环境下财会核算工作、财会管理工作等功能。目前用友财务软件已开发出网络财务软件，随着电子商务的发展，更多的，功能更强大的财务软件将投入市场。
（三）安全性
电子商务本身还存在安全性问题，如保密、有效性、完整性、可靠性等。并且客户的匿名性和隐私尚未得到充分地考虑。在网络环境下，会计所要求的信息安全、贸易安全是重要的问题，因此必须采取安全措施。目前，电子商务系统中解决安全性问题的核心技术包括：加密电子签名、电子信封、电子认证书、防火墙等。在我国政府的大力支持下，各科研机构针对上述问题的解决方法进行了大量的研究。今年3月举行的第五届全国人民代表大会第三次会议将我国电子商务的发展列为重要的议题。由国家信息办公室主持的有关中国电子商务的法律制度标准等规范框架已基本形成，并正在抓紧制定中国电子商务发展实施纲要。中国国际电子商务中心的商业电子信息安全与认证技术开发及应用项目，能提供数据加密和电子签名的电子证书，为企业之间的商务交往提供安全的保障。而新型的计算机操作系统Microsoft Windows XP今年也将上市，它能实现在同一单位计算机上存储多个用户的文件，并使其相互间保持私人性，能使仅属于某个用户使用的文件不被他人所使用。
（四）E化会计相关问题
E化会计信息系统的应用发展与审计、税收密切相关。
1．审计问题。现代企业内部审计可通过对会计凭证和账簿的审核，加强经济核算。在电子商务和网络会计下，传统的审计将发生变化，审计环境、审计线索、审计内容和审计技术都将发生变化。
2．税收问题。会计系统是直接关系到国家税收征管的。以前纸制凭证和账簿是税务部门依法征税的依据。而E化下，采用非纸制凭证，使得传统的依据失去基础，会加大税收流失风险。我国已就网络环境下的审计、税收问题进行了多方面的研究。税务系统网上征税已在江苏、广东等部分省市实现。
（五）人员素质和技能问题
E化会计信息系统要求会计人员既懂财务又懂网络、电子商务知识。它要求有一批掌握现代电子技术、网络技术，融自然科学、社会科学、人文科学于一身的复合型人才。而目前，这种复合型人才还很匮乏。因此要加大复合型会计人才的培养力度。贯彻人本战略，积极培养人才，普及信息技术及电子商务知识，培养专业化的人才。目前已有大学设立了计算机安全性研究专业。今后应鼓励在各大院校会计专业设立网络会计课程，系统地学习网络知识。电子商务在我国的起步较晚，基于电子商务基础上的E化会计信息系统的发展将会面临许多的困难，然而，电子商务发展的巨大潜力使得E化会计信息系统成为必然的发展趋势。社会各界应大力支持电子商务及会计信息系统的发展，为提高企业未来的国际竞争力、迎接人世带来的挑战提供保障。
电子商务环境下会计的全方位创新
电算化会计中若干会计方法的思考