1.内部控制的方式不同。电算化系统下，由于数据处理方式与手工系统有很大的区别，因此必须采用不同的控制方式。电算化系统下，内部控制制度可分为两个部分：①一般控制，包括组织与管理控制、应用系统开发和维护控制、计算机操作控制、系统软件控制、数据和程序控制等；②应用控制，包括输入控制、计算机处理与数据文件控制、输出控制等。
2.符合性测试的方法不同。符合性测试是针对内部控制的有效性进行的测试，既然两个系统的内部控制制度有很大的不同，这就决定了对电算化系统必然要采用一些不同的方法。目前常用的测试方法主要有以下几种：
（1）数据测试法。即将事先选定的业务数据输入客户的计算机进行处理，然后把处理结果同预定结果相比较，看两者是否一致。其中，测试数据可由审计人员自行设计，也可从客户的实际业务数据中选取，对选中的数据及处理结果都要作标记。若用来测试的数据是客户的实际业务数据，则该测试也可作为实质性测试的一部分，即所谓的双重目的测试。
（2）程序测试法。即审计人员从客户的计算机中复制正在使用的有关程序，检查其操作与控制功能是否存在且有效，并同客户的保存程序档案是否一致。这种方法显然对审计人员的计算机水平要求较高，目前我国大多数审计人员还做不到。
（3）嵌入审计程序法。即在客户的电算化系统中嵌入审计程序，对系统的运行进行实时监控，但要避免审计人员以外的人员接触审计程序。从理论上讲，这是比较理想的一种方式，但由于注册会计师审计是一种外部审计，这种方法在实际中很难运用。而对于内部审计来讲，这种方法则具有可行性。
四、实质性测试
（－）相同点
实质性测试的目的是验证报表和账户金额的正确性。手工系统下有一些常用方法，在电算化系统下还是适用的，比如审阅、核对、监盘、询证、现场观察、分析性复核等。特别是对于实物的监督盘点、向有关单位或部门询证、到工作现场观察，在两种系统条件下具有同等的重要性，审计人员都应予以充分的关注。但由于电算化系统下的数据处理方式有很大的不同，因此在实质性测试中就要求使用一些特有的方法和技术。
（二）不同点
1.更需要借助计算机进行审计。一般来说，不管对手工系统还是对电算化系统，审计都可以利用计算机辅助审计工作。但对电算化系统审计时，这种要求更为迫切，因为电算化系统下，除了原始凭证外，其他数据文件都以机器可读的形式存储在有关磁性介质中。虽然有些企业要求定期打印有关凭证、账簿、报表，但审计人员并不能确定打印的资料和机读数据完全一致，因此出于职业谨慎性的考虑，审计人员仅对打印资料进行审查是不够的，还应当对机读数据文件进行审查。而我国目前不少审计人员仍采用绕过计算机审计的办法。
2.有些核对程序的意义下降。电算化系统下，主数据库文件是凭证库，明细账、总账、报表文件都由其生成，明细账、总账、报表之间的制约关系已不复存在，因此它们之间的核对工作已不如手工系统下那样能提供有力的证据，因此核对程序的意义下降。并且在计算机辅助审计的情况下，核对工作可由计算机自动完成，这样审计人员就可以从大量的重复性劳动中解脱出来，关注一些更有意义的事项，从而提高审计效率。但是原始凭证与记账凭证之间的核对仍是至关重要的。
3.分析性复核程序显得更为重要。通过前面的分析，我们知道，在电算化系统下，如果程序发生错误或被故意篡改，仅通过常用的审阅。核对的方法是很难发现的，而通过分析性复核程序可以验证客户的资料是否符合客观规律。这就要求审计人员提高对有关客观规律的认识能力，要求其视野开阔，不仅要了解微观方面的信息，还要了解宏观方面的信息，如行业、部门及整个国民经济方面的信息；不仅要了解经济管理方面的信息，还要了解技术方面的信息。只有这样，才能有效地利用分析性复核程序获取有力的证据。
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