审计人员对固有风险进行综合评价的依据是上述各固有风险因素。目前审计人员进行固有风险的计量没有特定的模式，在审计实践中通常采用风险因素分析法来评价固有风险水平。
一、固有风险评估之因素分析法及其改进
风险因素分析法是指对可能导致风险发生的因素进行评价分析，从而确定风险发生概率大小的风险评估方法。其一般思路是：调查风险源→识别风险转化条件→确定转化条件是否具备→估计风险发生的后果→风险评价。比如，被审计单位所处的外部环境是固有风险的一个风险源，该风险源转化为风险的条件是外部环境恶化，如市场竞争剧烈、有效需求不足或产品生产受到国家政策的限制等。如果被审计单位所处的外部环境变坏，企业发生舞弊、欺诈行为，粉饰财务报表的可能性就加大，固有风险也相应增大。目前，应用风险因素分析法评价固有风险的通常作法是，审计人员在综合考虑上述因素之后，如果各项因素都比较好，出错的可能性比较小时，认定固有风险的水平在50%左右为宜；反之，如果有迹象表明有可能存在重大差错，那么审计人员应直接将固有风险水平定为100%。
风险因素分析法的关键之一，在于对各个因素风险程度的估计。各个因素风险程度通常可以采用描述法，即以“高、中、低”或“好、较好、中等、较差、差”等标准来描述。但由于所分级别一般都比较有限，这种描述估计结果的方法往往过于粗略，只能大体反映各因素的风险程度，也不便于审计人员考察其对最终固有风险的影响。另外一种常用方法就是打分法，即将各因素的具体情况与标准水平做一比较，然后根据其差异情况用绝对分值来表述要素的风险程度。与描述法相比，打分法能够较详细地反映各要素的风险程度，也有利于审计人员考察其对最终固有风险的影响。
风险因素分析法的另一个关键问题，是估计各个因素风险程度对最终固有风险的影响程度。由于与固有风险的敏感关系不同，不同的因素对最终固有风险的影响是不同的。在评价固有风险时，这种影响差别是通过给不同的因素设置不同的权数来区分的。而这些权数一般采用经验值设置或根据专家意见确定。
事实上，审计人员想对固有风险各因素进行准确分析存在一定的困难，即使是定量分析也存在很大的主观性。这是因为，固有风险因素的风险概率的确定完全是主观的，是凭据审计人员的主观经验予以确定的。也就是说，是在对影响固有风险的因素进行全面分析的基础上确定一个非常主观的概率。用这个主观性的概率表述固有风险因素的客观状况及趋势，并使之成为固有风险评估系统的信息接入口，必然使固有风险的评估带有很大的主观性。因此，从本质上来说，对审计风险要素的分析计量就是对审计判断的定量化，这是一种主观的行为。
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