4、加强对预算执行中收支真实性的审计监督在市场经济环境中，会计信息失真、部门单位弄虚作假、隐瞒收入、虚列支出、谎报成绩等现象时有发生。在历年预算执行审计中发现财政部门将虚列支出的款项及上级补贴的款项通过“预算暂存”等往来户，隐瞒财政收入；地税部门将当年应征的税款漏征欠征延作下年收入；预算执行部门将应上缴的预算收入坐支截留或跨期入帐；一些单位为减少年终结余索取假发票突击列支；财务报告与帐面数字不符，这都直接引发了当年预算执行中收支不实问题的发生。监督被审计单位严格执行财经法纪，真实反映经济业务，已成为审计机关一项艰巨而繁重的任务和义不容辞的职责。
三、在审计方法上要有所改进l、将帐户审计作为切入点并贯穿于审计实施阶段全过程。
预算执行部门和单位按规定应在当地指定的金融机构只开设一个基本帐户，但由于有的单位出于自身利益的考虑，加上主管部门监督不力，多头开户、公款私存、设置帐外帐等问题仍然存在。。开户银行帐户记录能够真实反映一个单位的资金运动过程，因此，审计机关应从银行帐户入手，通过对照检查银行帐户可以了解被审计单位资金流动的真实性、合规性和完整性，进而发现被审计单位有无帐外资金、私设小金库等问题线索，并跟踪检查，将其查深查透。实践证明，实行全方位帐户入手审计法可取得事半功倍的效果。
2、加强审计机关内部各专业机构的配合和上下级关系的协调。
由于预算执行审计牵涉点多、面宽、线广，因而要求审计机关全体动员、精心组织、合理分工、相互配合，实施整体战略。一般审计机关开展预算执行审计要根据具体情况分设财政审计组、地税审计组、金融审计组、农林水审计组、行政事业审计组和企业审计组等若干专业审计组；这些审计组成员都在不同的内设机构中从事审计工作，一方面他们可将日常审计中发现的问题线索及掌握的信息成果在预算执行审计中进行提供和利用；另一方面各专业审计组之间在审计过程中不能各自为战，要密切配合，通力合作，发挥联动效应。对有经济业务联系的被审计部门和单位，如财政部门与预算执行单位之间、税务部门与企业之间有关的资金往来和经济联系要互通情况、跟踪延查，形成合力，联手出击，这样才能把问题查清查透、不留疑点。同时，上下级审计机关也应加强协调，一方面下级审计机关向上一级审计机关报告预算执行情况的审计结果，在“上审下”时积极配合；另一方面上一级审计机关应尽量避免重复审计，并对下一级审计机关开展预算执行审计进行业务指导和质量控制，从而正确处理好 “上审下”与“同级审”的关系。
3、注重运用专题调研、重点查询和延伸审查的审计方法开展预算执行审计应体现出审计机关在国民经济宏观调控中发挥的重要作用，而选择审计中发现的热点、难点问题进行专题调研不失为一种较好的工作方式。在预算执行审计中应突出对重点领域、重点部门和重点资金的审计监督，注重发现大案要案线索，加大对重大违法违纪问题和经济案件的查处力度。针对发现的突出问题选择一二个专题进行调查研究，最终形成有情况、有分析、有建议、有份量的专题材料，提交给上级部门，从而达到为宏观调控和经济决策提供依据、促进政策法规贯彻落实的目的。在审计中要坚持检查帐面资料与走访查询相结合的方法，不光看到问题的表面，更要了解问题的实质，如对会计信息失真、报销虚假发票、资金和资产体外循环、谎报瞒报数字等方面产生的疑点，通过走访经办人和当事人进行重点查询，可以揭露问题的本质，找出管理上的漏洞和薄弱环节，促使其及时纠正和改进。预算执行审计的对象大多是资金管理部门，其存在的一些违法违纪问题，往往需要通过延伸其下属单位才能核查落实，可见采用延伸审查的方法不容忽视，尤其对接受财政拨款数额大、所属二级机构多的一级预算单位审计时有必要对其下属单位进行延伸，从中发现问题线索，揭露深层次的问题。
4、充分应用计算机辅助审计技术计算机辅助审计技术是审计人员应用计算机技术作为审计的工具来完成审计工作任务。预算执行审计所涉及的被审计对象，如财政、地税、金库等部门大多使用计算机进行制证、记帐和编报，其大部分会计核算资料都是通过计算机处理系统输出的，在此情况下，审计人员仍采用传统的手工审计方式，就难以达到审计目的。
因此，应力争使审计电算化与被审计单位会计核算的电算化同步发展，这就要求审计人员充分掌握和利用计算机辅助审计技术，把它当成一种新的强有力的工具来使用，这将大大提高预算执行审计工作的效率和效果。
切实搞好审前调查 提高审计质量、效率和水平
开展政府投资效益审计的几点思考