在股权激励方式上，目前中国上市公司有两种主流选择，一是发行股票期权，二是股东转让股票。
对于发行股票期权的激励方式，新会计准则中明确规定要予以费用化，这样，对于一些股票期权公允价值巨大的上市公司，会对未来年度利润造成较大程度的负面影响，进而可能出现无法满足股权激励方案行权条件的情况。对此，一些上市已开始从两方面着手解决因会计准则带来的激励困境，一是修改与调整股权激励方案，二是将股权激励费用视为非经常性损益。
据《证券市场周刊》了解，一些上市公司在制定股权激励方案时，并未考虑到“股份支付”新准则的影响；同时，股权激励方案上报证监会后，也出现证监会提高股权激励行权标准的情况，但同样未考虑到新会计准则费用化的影响。于是，目前一些上市公司激励困境的解决，可能有赖于一些技术性手段；同时，这也涉及到股权激励的实施效果，以及上市公司激励行为取向的引导问题。
对于股东转让股票的激励方式，目前新会计准则体系相关文件中未予提及，属于灰色地带。不过，若按照国际财务报告准则中的相关内容来理解，也需要同“发行股票期权”方式一样，按公允价值计入到成本费用中，尽管目前相关上市公司在会计处理方面还没有这样做。当然，这涉及到在中国新会计准则体系中，国际财务报告准则的角色与地位问题，也涉及一些复杂的技术性细节。
其实，我们探讨与股权激励相关的诸多问题，其意义不仅仅局限于会计处理；更有利于投资者梳理对薪酬、费用、利润等方面的理解；从而在目前中国上市公司股权激励试水时间不长的情况下，能够更加清晰、准确地分析相关上市公司的财报及进行价值判断。
两种主流
据统计，股改后已实施股权激励的21家上市公司（表1）中，就激励方式而言，发行股票期权，为14家上市公司所采用；采用股东转让股票方式的有5家；而采用股票增值权、上市公司提取激励基金买入流通A股方式的各一家。
当然，这其中也有重复统计，比如激励数量列众上市公司之首的金发科技（600143），其股权激励方式涵盖发行股票期权与股东转让股票两种方式；前者是2006年9月1日金发科技临时股东大会审议通过的股票期权激励计划，授予激励对象3185万份股票期权，股票来源为金发科技向激励对象定向发行股票；后者是在2005年金发科技股改方案中，公司第二大非流通股股东宋子明承诺，将其所持有的非流通股份中的1690万股，按公司最近一期经审计的每股净资产值作价转让给公司管理层、核心技术人员及核心业务员。
不论是发行股票期权，还是股东转让股票，受益者只能是公司的管理层或其他员工。也就是说，股权激励属于上市公司薪酬的一种形式。就此问题，会计与税收知识足令中国投资人士汗颜的巴菲特曾经发出绕口令式追问：“如果期权不是报酬的一种形式，那它是什么？如果报酬不是一种费用，那它又是什么？还有，如果费用不列入收益的计算中，那它到底应怎么处理？”
其实，巴菲特的这种追问不仅仅是探讨股权激励的薪酬实质，而是着重于其会计处理问题，即这种股权激励应该计入费用，从而列入收益的计算中。
道理很简单，如果有两家公司，一家公司采用某种形式的股权激励，另一家公司未采用。如果实施股权激励的公司未将这部分激励形式的薪酬计入费用，但其业绩却由于激励效应而增加，这时，其业绩便没有与其费用完全配比，因为缺少了股权激励这一块成本费用。并且，由于股权激励未计入费用，也导致两家公司的不可比性；投资者会误以为实施股权激励公司的业绩更好，而实质上的情况，却是其未将激励费用列入收益计算所致。
鉴于诸如股票期权等激励形式在许多国家日益盛行，“国际财务报告准则第2号——以股份为基础的支付”填补了会计处理方面的空白，规定股权激励予以费用化。该准则结论基础中，在探讨广义的雇员股份计划时，其中的言辞有利于我们加深对薪酬概念的理解：“理事会指出，这些计划只有雇员才能取得的这一事实本身就足以证明，提供给雇员的利益代表了雇员薪酬。不仅如此，‘薪酬’这个术语并不只是局限于作为雇员个人合同一部分的薪酬：它包括提供给雇员的全部利益。类似的，服务这个术语包括雇员提供的作为回报的全部利益，包括由于股份计划的激励而增加的生产力和责任感或其他雇员工作业绩的提高。”
而在财政部2006年2月15日发布、并已于2007年1月1日起在上市公司施行的新会计准则体系中，第11号准则“股份支付”，已经在某种程度上实现了股权激励会计处理方面的国际趋同。
会计变革
“股份支付”准则的关键点有三：一是相关股权激励费用化；二是首次执行日的处理；三是股权激励费用的计量与确认。
一般而言，股份支付的相关规定对实施股权激励上市公司主要有两方面影响，一是在首次执行日，即2007年1月1日，需要将属于2006年度的股票期权成本费用调减留存收益，即减少期初（2007年）未分配利润；二是增加2007年及以后年度的成本费用，从而减少未来会计期间的净利润。
根据第38号准则“首次执行企业会计准则”规定，对于可行权日在首次执行日或之后的股份支付，应当根据股份支付准则的规定，按照权益工具、其他方服务或承担的负债的公允价值，将应计入首次执行日之前等待期的成本费用金额调减留存收益，相应增加所有者权益或负债。
数据显示，2007年1月1日股东权益受股份支付准则影响的上市公司仅七家（表2）。其中，博瑞传播（600880）受影响程度最大，影响率为-8.50％；金发科技次之，影响率为-4.45％；中国人寿（601628）影响额最大，高达-4.31亿元，不过，由于家大业大，影响率仅为-0.44％。
应该说明的是，股份支付准则对年初股东权益的影响，仅是改变了其中的结构，即减少了未分配利润，同时增加了资本公积，所以，并未减少净资产总额。也就是说，在2007年初新旧会计准则股东权益差异调节表中，在“股份支付”项中是调减，但在“其他”项是增加。
以金发科技为例。金发科技股票期权所占比例较大，标的股票总数占激励计划签署时股本总额的10％。据金发科技计算，公司一次授予、分期行权的每份期权在2006年9月1日的公允价值为7.6893元。属于2006年度的费用为5522万元，按此数额调减2007年初的未分配利润。
股份支付准则的另一方面的影响，是增加2007年及以后年度的成本费用，从而减少未来会计期间的净利润。
同样以金发科技为例。该公司2006年度实施的股票期权激励计划，属于“股份支付”准则中的“完成等待期内的服务或达到规定业绩条件才可行权的换取职工服务的以权益结算的股份支付”，根据准则要求，在等待期内的每个资产负债表日，应当以对可行权权益工具数量的最佳估计为基础，按照权益工具授予日的公允价值，将当期取得的服务计入相关成本或费用和资本公积。
2007年一季度，金发科技净利润7009万元，比上年同期增加48.26％，稀释每股收益0.11元，扣除非经常性损益后的净资产收益率为5.26％；季报中披露，根据股份支付准则的相关规定以及股票期权激励计划中确定的行权条件并结合公司的实际情况，报告期内，公司确认的股份支付相关费用为684万元，并调增资本公积684万元。
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