随着社会资源分布状态的改变和政府职能的转变，政府不再独家垄断管理权力，大学的办学自主权得到进一步扩大，大学与社会联系越来越紧密，这就为大学单位制改革奠定了较好的社会基础。但是，任何制度形成之后都会由于惯性的作用产生“路径依赖”，难以打破。因此，政府应充分发挥其作为强势力量存在的优势，积极推进大学单位制度改革，引导社会其他力量参与管理大学事务，使大学发展从事业单位走向公共事业，使大学办学从封闭走向开放。
（二）加强法制建设，使政府对大学管理从政策治校走向依法治校
受长期集权管理思想的影响，政府是社会公共事务的惟一管理主体，也是惟一的管理权力中心，常常习惯于依据党和政府的政策办事，一切以政府的红头文件为准，造成了政策高于法的错误观念，从而产生不依法办事、法制观念与信仰的建设不足、法律法规不健全、监督机制缺位、法制环境氛围不浓等弊端，严重制约和阻碍我国高等教育的健康发展。
法治是治理理论的核心概念之一，市场经济是法制经济，在转型时期，政府职能转变涉及到政府、大学和社会各方面利益的重新调整和分配，需要法制来加强、促进、保障和规范多方利益主体的行为。随着高等教育利益主体的多元化，各方主体之间的利益冲突与价值冲突必然会出现，只有在法律框架下，将制衡机制与纠错机制以法律形式确定下来，才能保障高等教育各方主体的合法利益不受侵害，形成政府宏观管理、学校依法按照章程自主办学、依法接受监督的新格局。构建和谐社会、和谐大学已经成为全民共识，如何在多中心治理模式下分配各个治理主体之间的权、责、利，如何使各个治理主体通过博弈实现“多赢”局面等问题，都需要有法律对其做出较为明确的规定。因此，政府应当积极主动地站在公平、合理、前瞻的高度，从制订和完善法律规章、加强教育法律的培训以及明确法律责任、加大执法力度等方面来建立健全我国高等教育法律体系。
（三）培育市场力量，使高等教育资源配置从平均分配走向市场竞争
在政府垄断服务的情况下，政府在支配稀缺的高等教育资源时，主要是通过行政分配而不是通过市场竞争来进行的。那时我国所有的高校都有一定的行政级别，级别高的学校配置的资源就多，同一级别的高校，获得资源是一样的。实际上这种资源配置模式已造成诸多弊端。从政府管理角度来看，由于资源分配设置许多管理环节，难免有人置公共利益于不顾，利用管理者身份和管理环节“寻租”，为个人谋取私利。从大学角度来看，为了获得更多的资源，大学可能会过于迎合政府主管部门的意图而放弃大学自身的长远责任。因此，为纠正政府失灵、避免“寻租”行为的发生以及提高资源配置效率，政府可大力培育竞争市场，采取公共服务市场化的方式来进行高等教育资源配置，提高服务质量。
政府培育大学竞争市场的主要责任表现在：第一，培育市场主体。现代市场经济的基本特征是其“根本的游戏规则是基于法的规则”，政府要通过以明晰市场主体，为大学公平竞争营造出一个理想的环境，使不同层次、不同类型的大学在各自的类型和层次里都享有平等竞争的自由。第二，促进市场体系建设。政府要按照建立统一、开放、公平竞争的市场法则要求，大力整顿市场秩序，防止大学无序和不正常竞争，打破大学之间的地区封锁、行业部门各自垄断、条块分割和封闭办学的局面，加强民办大学与公立大学之间的融合，促进国内统一的高等教育竞争大市场的形成。第三，政府还有责任加快国内竞争市场与国际竞争市场的对接。随着国际间的交流与竞争的逐步加大，许多发达国家的大学已开始像跨国公司一样抢滩我国高等教育市场，与国内大学一起竞争有限的高等教育资源，因此，政府有责任充分利用国际规则，改革不适应WTO规则的体制、法规和政策，不仅要积极引进国外大学来提供高等教育服务，也要引导国内大学走出去，参与国际竞争，提升我国大学的国际竞争力。
（四）拓展财政来源，使高等教育经费来源从政府拨款走向多方筹措
在计划经济体制下，政府拨款是大学办学经费的惟一来源，大学为了从政府那里获取更多的资源，一切只能以政府的指令行事。但是，随着市场经济体制的建立以及高等教育变得越来越昂贵，政府拨款在大学办学经费所占的比例越来越小，必须多方筹措资金使大学办学经费多元化。国外高校的办学经费来源渠道较多，例如，美国高校有多种途径获得直接或间接的办学经费：一是免税政策；二是联邦政府拨款；三是州政府拨款；四是私人、企业财团、宗教团体和慈善机构等的捐款；五是学费收入；六是大学基金收益；七是各类“基金会”提供的资助；八是吸收留学生及海外办学；九是提供社会服务和产学合作；十是校内附属事业。因此，以政府财政拨款为基础、多渠道筹措办学经费并存的多元化筹资格局，是现代西方发达国家高等教育有效的筹资模式。
借鉴国外大学办学经费筹措模式，我国政府在高等教育经费筹措的责任主要有：第一，政府要建立和完善各种财政制度，从制度上保证国家政府对高等教育发展所需要的稳定拨款。第二，改革高等教育财政管理手段，注重对资金分配和运用的科学管理，改变传统单一的成本管理方式，建立现代科学的“成本—绩效”管理模式，以保证财政投入的使用效率，提高教育质量。第三，政府要积极鼓励高校开展产学研合作，扩大自我创收能力，使之成为高校重要的资金来源渠道。第四，政府要积极推进各种捐款捐赠基金制度的建立，广泛吸纳社会各界的捐助。
（五）扶持教育中介组织，使政府对高等教育管理从直接走向间接
在计划体制下，政府主管部门直接对口管理各种大学事务，大学内部也不得不设立各种组织机构与政府主管部门相对应，以便于对口联系，这使得大学的组织不仅数量上十分庞大，而且在结构上与政府高度同构，实际上沦为政府的附属机构，严重扭曲了大学作为学术组织存在的本质特征，制约了大学学术生产力的发展。国外发达国家的政府并不直接管理大学，而是实行间接管理，常常是在政府与大学之间建立一个“缓冲器”或“减压阀”，即各种各样的教育中介组织。如英国的高等教育基金会、日本的中央审议会、意大利的教授委员会、美国的卡内基高等教育委员会和大学间的基准协会等。现在，这些教育中介组织在协调政府与大学的关系方面扮演着越来越重要的角色。
我国过去长期是“强政府、弱社会”的现状，整个社会受到政府行政权力的超强控制，几乎没有社会中介组织存在和发展的空间，因此，更需要政府的力量来积极培育和扶持我国教育中介组织的发展和壮大。借鉴国外经验，从我国实际出发，政府发展教育中介组织的职责主要体现在：首先，要加快政府职能转换，从全能政府转变为有限政府。政府职能转换是发展教育中介组织的社会基础和动力，必须充分发挥各种教育中介组织的功能，把本应该由教育中介组织承担的职能从政府的行政职能中剥离出来，使政府对高等教育由直接管理转变为间接管理。其次，加快教育中介组织的法制建设，建立和完善法制体系。要逐步制订和完善有关教育中介组织的法律法规体系，使教育中介组织的活动真正做到有法可依和有法必依。第三，政府要制定好教育中介组织发展的整体规划。政府要做好教育中介组织发展的战略规划和部署，既要优先、重点发展与高等教育关系密切的中介组织，也要对现在已经存在的中介组织进行改造和优化，使教育中介组织的发展健康有序。
总之，多中心治理体制并没有否定政府应有的地位和作用，多元合作主体的地位并不是完全平等的，政府依然占据着绝对优势；而且，其他社会行为主体在作为高等教育治理的参与者，还保留着作为普通社会行为主体的角色，仍要接受政府的管理，政府在秩序的供给和权利的维护上起着不可替代的作用。因此，新形势、新背景要求政府对高等教育的管理定位要从垄断控制转为宏观调控，从行政管理回归公共管理，从单方强调高等教育管理主体的义务转变为主动承担起高等教育发展的相关责任。
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