国库集中支付制度要求，会计主体与会计核算、资金所有权与核算权分离，由会计集中核算中心在商业银行开设统一结算账户，并为单位在内部开设结算账户，提取5000元以下不等的备用金。不改变各部门、各单位的资金所有权，资金使用权，财务管理自主权，单位资金筹措权、债权、债务主体，单位的经济责任5项权限。但预算资金由原来层层下拨给预算单位，改变为由财政部门统一保存在中国人民银行国库单一账户上进行管理，财政部门不再将资金拨到预算单位，而只给预算单位下达年度指标，以及审批预算单位的月度用款计划。其在于建立预算执行的监督机制。财政部门掌握资金的支付权，可以根据资金的使用是否符合预算的规定而决定是否给予支付；将资金先拨给会计核算中心，再转到商品和劳务供应者，财政部门可以掌握每笔资金的去向，为从根本上杜绝预算执行中的克扣、截留、挪用资金等现象奠定了基础。
国库集中支付制度要求，会计集中核算后，各单位须预留付款印鉴，单位报账的所有单据都必须由单位主管领导人签字，报账单位所有原始凭证都须经过核算中心审核和进行账务处理。会计集中核算单位之间的收付款业务全部实行内部转账直达，对纳入集中核算的单位之间的收付款结算，往来结算等一律在核算中心内部实行“内部转账”直达收款单位，不允许将资金拨付给付款单位，再由付款单位与收款单位之间进行结算。政府采购资金直达采购专户和中标供应商。对属于政府采购范围的资金，经单位办理相关业务手续后，将所需的采购资金直接划入政府采购中心在核算中心的政府采购资金专户，物品采购及验收结束后，按照合同，将货款从核算中心的采购专户中直接支付给供应商。职工工资和代办业务经费直达个人账户，干部及职工和单位发放的各种津贴、补贴、加班补助等全面实行银行代发，直达个人账户。对单位经常性支出，必须确保，如水费、电费、电话费等实行单位申请，“中心”统一代扣代交，资金直接拨入供水、供电、电信等单位账户。对会计集中核算单位零星支出如差旅费、业务招待费等，直达报账会计。
国库集中收付制度要求各单位要制定收入收缴程序，即对收入收缴的方式和方法作出规定。实行国库集中收付制度，所有预算内财政资金直接缴入国库，所有财政预算外资金直接缴入预算外资金专户，应缴上级财政的也从财政专户拨出，不再由预算单位集中汇缴。
政府收支分类改革对水利事业单位的影响
部门预算改革中存在的问题及对策