笔者认为，完善部门预算改革可采取如下措施：
第一，规范预算编制程序。一是适当提前预算编制时间。在传统的预算编制体制下，一般从11月份才开始编制下年度预算，预算编制时间非常短，编制效果也就难以保证。但预算编制时间也并非越早越好。考虑到经济的发展、国家政策的变化，预算周期过长、预算编制时间过早，势必要影响到预算的准确性。二是简化编报程序。目前从中央到地方普遍实行“二上二下”的编制流程，各地可以结合当地实际，适当简化编报程序，如可以变通实行“两上一下”或“一上一下”的编报流程。
第二，理顺财政部门与其他部门的关系。一是财政部门在全面掌握部门资源和需求的基础上，不断增加预算编制的主动性。二是预算编制要坚持公开、公平、公正的原则。部门预算对财政资金在部门间进行分配，必须要提高项目安排的透明度，确保资金在部门间的公平分配，以取得部门单位对财政的信任、支持和配合。三是切实处理好财政与部门间的集权和分权关系。实行部门预算后，财政对部门资金使用的垄断性监督管理大大加强，但是客观上也容易造成财政对资金分配的管理过宽过细，不利于发挥部门的积极性。在这种情况下，如果将部分专项资金的分配权向部门适度转移，包干使用、超支不补，就有可能变一家理财为多家理财，意想不到地提高财政资金效益。四是理顺财政与其他有预算分配权的部门的关系。对于计划、科技等有预算分配权的部门，简单地将分配权收回并非是好办法，因为这些部门在各自的领域比财政部门更有发言权；且项目的选择权过分集中于财政部门也不甚妥当，应该分而治之、相互制衡。因此，可以将计划、科技等部门转变为预算审核委员会成员单位，配合财政部门共同做好预算管理和资金分配工作。
第三，构建有效的财政监督机制。首先，明确预算监督机构的职责，强化部门预算硬约束。预算监督机构应通过调查研究，了解部门收支情况，并负责把这一信息传递给预算编制部门。其次，建立支出跟踪监督机制。一是实行由财政预算监督机构向各部委派驻财政监察专员的制度。在推行国库集中收付制度的环境下，财政监察专员的主要职责是掌握部委开展的公共活动是否合法合规，有无乱收费或降低公共服务质量等行为。二是财政预算监督机构应对部门的政府采购预算执行过程实施监督，要求各部门在进行政府采购前同时向财政预算监督机构及政府采购管理部门提出申请，使政府采购置于财政监督之下。再次，应建立对财政监督部门的监督机制，量化考核指标，健全内部牵制制度,在财政部门内部形成良好的监督制度，赋予财政监督以相对独立的地位和权利，在调动财政监督人员工作积极性的同时，要有惩罚制度，如果财政监督不力，对出现的重大财政资金违法违纪问题失察，一经查出，就要依法追究财政监督不力的责任。
第四,建立绩效控制机制。在我国部门预算实践中，信息不对称常常使决策部门不得不依赖支出部门提供的信息，因而导致支出部门产生向决策者提供或认为制造对本部门有利的信息，提高其获得更多资源的概率。这种信息障碍是导致预算结果经常背离政策初衷的主要原因。为此，应该改变现有控制模式，采用绩效控制模式：（1）在已经建立部门预算监督机制的环境下，将具体的管理责任与权力下放到部门层次，并赋予支出部门或部门负责人在部门内部进行资源再分配的自主权。部门可以按照自己认为最适宜的方式运作本部门的财政资源，从而有助于削弱支出部门“花掉所有可以利用的资源”的动机。（2）建立对部门的产出绩效（投入成本、产出结果的数量和质量）指标评价体系。即部门必须对预算绩效负责，经年度审计，对达不到指标要求而又没有客观理由的部门实施整改，或罢官免职，或削减下年经费，或精简人员。在绩效控制模式下，较低层的支出管理者可以被赋予更多的使用运行成本的自由，强调对产出、成本进行计量和绩效审计、评价，提高支出机构的公共服务效率。要实施这种理想的预算控制模式，必须相应建立服从于政府预算管理规则的部门管理制度，包括适宜的政府预算科目、人事、公共产品采购和国库资金支付制度等，财政部门（或其他层次较高的预算决策机构）则可集中精力对各部门的遵章守纪情况进行审查，实施财政监督。
谈谈国库集中收付制度改革
财政政策效应的空间差异性与地区经济增长