改革开放以来，我国的经济运行方式开始发生重大转变，由过去长期实行的计划经济模式向市场经济模式转变。在这种经济转型的过程中，随着市场化倾向的提高和国家调控范围的变化，各级政府的经济管理职能逐步弱化，社会管理职能日益增强，财政支出范围缩小，将市场有效领域交还给市场，财政逐步退出流动资金供给、资本金注入领域，将重点放在满足社会公共需要和宏观经济调控方面。经济建设支出所占比重由改革前的平均60%左右下降到“八五”时期的41.5%，社会管理支出比重提高。经济建设支出比重下降主要是由于流动资金支出下降和基本建设支出下降。流动资金支出下降是符合市场经济运行要求的，是合理的，但基本建设支出的比重从改革前40%左右降到“八五”时期的12.1%，就不尽合理，在很大程度上制约了财政对重点产业和基础设施的支持力度。社会管理支出的比重上升，总体上是合理的，但教育、科技、社会保障等支出增长相对缓慢，也是不合理的。这表明我国经过20年的努力，财政改革已取得一定成就，财政支出结构已突破了传统的偏重于经济建设的供给模式，迈出了向公共服务和宏观调控为主要内容的转化。财政职能、范围、类型发生了相应的转变，政府介入经济的范围与方式都与计划经济体制下有了差异，财政支出模式已逐步转向公共财政，已经具备了公共财政的某些特征。但距建设社会主义市场经济体制的要求，还有明显差距。特别是当前我国经济转型时期公共支出结构还面临着一些问题。
我国现行财政支出结构是从计划经济体制演变而来的，同建立社会主义市场经济相比，还有很多不相适应的地方，突出的问题是：一方面一些必须保证的财政支出水平较低或支出不到位；另一方面财政支出依然承担着一些不应由其承担的开支。
1.财政投资日益弱化，影响国民经济的长远发展，影响经济结构的调整和产业结构的升级。当前我国财政资金供给能力不足，财政的经济建设性投资呈现出弱化态势，与政府的宏观调控要求相去甚远。预算内投资占财政总支出的比重和预算内投资占全社会固定资产投资的比重都不断降低，1980年分别为20.5%和28.1%，1995年下降为7.7%和3.1%，这种趋势必将抑制我国经济的快速增长，对我国经济的长远发展具有消极影响，无法改善基础“瓶颈”制约和结构失调，不利于国民经济的协调发展。
2.教育支出虽然有所增加，但依然远远不能满足社会经济发展的需要。2000年教育经费占财政支出的比重已达到17.2%，但由于受到财政支出总量的制约，数额有限。而且财政用于教育的支出占GDP的比重也很低，1994年为2.2%，1997年增长到2.6%，2000年增长到3.1%，但与世界5.1%的水平及发展中国家4.0%的水平相比，还是很低的。
3.社会保障支出严重不足。在计划经济体制下，我国财政支出几乎没有真正意义上的社会保障支出，如养老保险、失业保险等这些事关社会稳定大局的事情，没有完全纳入财政分配范围，资金供给不足，长此以往，对社会经济的协调发展和体制转轨将带来不利影响。
4.国家财政包揽过多，管了许多不该管的事情。从国家与个人之间的分配关系来看，随着GDP分配格局的变化，居民个人的收入水平不断提高，但国家仍然通过各种“明补”和“暗补”的形式对居民予以大量的财政补贴和各种福利性照顾。同时，国家财政还对企业支付亏损补贴，这与企业自主经营、自负盈亏、优胜劣汰的机制不相符。上述情况表明，我国目前的财政支出沿袭了过去计划经济体制下的传统做法，支出结构不合理，与市场经济下公共财政分配活动的要求不相适应。
5.行政管理费急刷膨胀，加重了财政负担。据统计，行政管理费支出占财政支出的比重从“五五”时期的4.9%上升到“九五”时期的11.94%.虽然随着社会经济的发展，这种增加有其必然性，但是我国目前行政管理费增长速度过快，超出了同期财政收入、财政支出和GDP的增长速度，同时行政管理费支出内部结构也不尽合理，主要表现为个人经费增长快于公用经费增长，财政供养人员日益膨胀，导致各级财政困境日益加深，这是财政支出结构不合理的一个主要因素。在财政资金总量增幅不大的情况下，行政管理费支出不断膨胀，必然会导致其他方面的公共支出难以保证，影响政府职能的履行。
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