（六）以企业所得税优惠为主，缺乏必要的个人所得税优惠
我国现行的高新技术企业实行15%的企业所得税税率（为普通企业所得税税率的一半），个人投资高新技术企业获取的个人所得（如股息、利息和个人分得的利润）却没有所得税方面的优惠措施，并且由于企业所得税和个人所得税的课征形成了双重课税。现行个人所得税法没有对高新技术人员的优惠政策，仅有对省级人民政府、国务院部委以上单位及中国人民解放军，外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金及规定的政府津贴免征个人所得税，而对省级以下政府及企业颁发的重大成就奖、科技进步奖仍征收个人所得税。而且个人所得税没有考虑高科技人才教育投资成本大的情况，没有实行税前扣除的优惠，致使居民对高层次的教育投入不足；对红股征收个人所得税阻碍了高新技术企业内部员工持股制度的推行；对高科技人才的创造发明、成果转让收益征税，削弱了科研工作者投身科技开发的积极性，也打击了对科技成果进行转化的热情；缴纳个人所得税时，房补计入应纳税所得额，增加了高新技术企业员工的税收负担。
三、完善高新技术产业发展税收政策支持的基本思路
（一）系统规划设计税收优惠政策
税收优惠政策应当与国家产业政策密切配合，坚持“有所为，有所不为”的原则，突出政策重点，减少“撒胡椒面”式的盲目性，根据高新技术产业发展的特点，尽量发挥有限税收政策资源的最大效能，实现税收政策资源的优化配置。在进行系统设计时应从三个层次去考虑：第一个层次是在高新技术产业化发展的不同阶段，税收优惠的侧重点应有所不同。第二个层次是高新技术产业化进程的不同阶段所涉及的税种不同，税收优惠的具体方式也应有别。如对企业所得税可采取加速折旧、税项扣除、投资抵免等间接税收优惠方式，而对增值税、营业税则选择减免税、退税等直接税收优惠方式。第三个层次是税收优惠具体方式的选择问题。此外要根据经济发展情况动态调整税收优惠政策的扶持范围，实现动态鼓励与静态鼓励的统一。由于税收优惠具有特殊的政策导向性，必须紧扣整个国家经济发展战略和经济政策目标，不能搞原则不明确，或者一成不变的税收优惠。各地高新技术产业化进程中的税收政策应在国家产业结构布局的背景下，根据产业重点发展领域，在不同时期相应选择切合本地区人才结构、资源状况的重点项目和税收政策手段，进行政策扶持范围和重心的动态调适，税收优惠也要以市场调节为依托，对某些技术已显落后、市场前景趋淡的行业和产品应“有所不为”，集中有限的政策资源于真正具有优势与前景的高新技术领域，形成层次分明、重点突出、整体协调的多元化的税收扶持政策体系。
（二）完善与高新技术产业有关的税收法律体系
加快有关科技税收方面的立法步伐，提高科技税收法律的权威性，并创造条件尽快对科技税收优惠实施单独立法。我国现行科技税收法律的层次较低，权威性差，难以发挥税收的调节作用。因此应对一些已经相对成熟的条例、法规通过必要的程序使之上升到法律层次，既有利于克服由于经常修改而造成税法不够稳定的缺陷，也在一定程度上提升了有关科技税收的法律效力。另外从长远角度考虑，国家应制订完善《促进高新技术产业发展基本法》，从总体上考虑促进高新技术产业发展的财税政策。国家在完善科技税收政策时，应由国务院单独制定一个特别优惠法案，把散见各处的科技税收政策集中，统一颁布执行。此法案应先列出与国家产业政策和地区发展政策及科技税收政策有关的其他政策，列出国家产业发展序列和地区发展序列，以使人明确税收倾斜原因，然后具体规定税收优惠方法，使人们明确税收倾斜的具体内容及办理方法和程序。同时，应注意法案内容每一项变动，都应将全部内容重新公布，或者规定一年一修订，人们只要拿到当年的此法案，即是最全面、最完整、最权威、最适用的。
（三）逐步实现税收优惠以直接为主向间接为主转变
间接优惠虽然在一定时期减少了政府应征税收，但政府保留今后对企业所得的征税权力，对企业来说主要是延迟了应纳税的时间，相当于从政府那里获得了一笔无偿贷款。而且间接优惠具有较好的政策引导性，有利于形成“政策引导市场，市场引导企业”的有效优惠机制，也有利于体现公平竞争。事实上，国外发达国家的实践经验已证明，能够使科技快速发展的优惠方式应该是：有利于设备更新和资金回报的加速折旧，有助于科研活动的税前扣除（包括升值扣除）、税前抵免以及资助目的性较强的税收信贷、延迟支付等。在这方面，我国的当务之急是推行加速折旧政策和建立技术开发基金。借鉴国际经验对科研活动使用的先进设备、专用装置、房屋实行加速折旧，并在正常折旧的基础上给予特别折旧，即在折旧资产使用的第一年允许按一定比例实行特别折旧，对利用国产设备的还可以再优惠，使企业放下包袱，轻装上阵，加快科技发展步伐。实践证明，加速折旧对企业从事科研开发、提高技术水平具有明显的促进作用。因此，我们应在企业固定资产税务处理方面考虑加速折旧问题，规定对高新技术产业、行业的固定资产实行加速折旧或特别折旧，允许某些特殊企业选择自由折旧，并允许不扣除残值计提折旧。同时，面对社会风险基金的建立和运作不如人意的现状，用税收优惠的办法鼓励企业自建技术开发基金。开发基金按企业投资额或销售额的一定比例计提，并允许在计征所得税之前予以扣除，使企业得以降低开发技术的风险，增强企业技术创新的积极性。与加速折旧相比，投资税收抵免能给企业技术进步带来更直接更明显的税收利益，因而更能产生刺激作用，是世界发达国家或科技进步国家经常运用的方法。建议借鉴国外的做法，适当采取加速折旧、投资税收抵免、亏损结转、费用扣除、提取风险基金等间接优惠方式，鼓励企业资金更多用于科技投入和设备更新，加快高科技产业化进程。
（四）增强高新技术产业增值税优惠政策的促进力度
将生产型增值税改为消费型增值税后，高新技术产业的税收负担虽会有所降低，但降低幅度有限，因为目前的增值税并非普遍征收，有些企业没有纳入增值税征税范围，造成许多高新技术企业在购买技术时无法取得进项发票，不能抵扣进项税款，税负偏重的现象依然在某种程度上存在。因此很有必要进一步降低高新技术产业增值税实际税负率，以减轻其税收负担。具体说来，一是要扩大税收优惠政策的覆盖面。要将高新技术产业开发区内的税收优惠扩大到区外，鼓励高新技术企业公平竞争。对高新技术企业实行税收优惠应坚持平等相待的原则，只要是高新技术企业就可以享受到有关的税收优惠政策，即税收优惠应以企业是否真正属于高新技术企业为依据，这样才能做到公平税赋，公平竞争，才能引导高新技术产业的健康发展。对于非高新技术企业，只要其投资于高新技术项目、进行高新技术开发和研究，或进行技术改造，也应纳入税收优惠的范围之内。要扩大税收优惠政策所覆盖的环节。税收优惠如果涉及的税种多，则较容易覆盖到工业生产的各环节。如对于科研单位的技术转让收入目前免征营业税，同时也可以对签订的技术转让合同免征印花税。二是适当取消或降低部分优惠政策的限制条件。如对购进国产设备抵扣所得税的办法扩大范围进行改进，取消以上年所得税为基数的限制；允许高新技术企业当年购进国产设备的投资，当年可以全额抵扣，不足部分结转下年度延续抵免。三是加大税收优惠的幅度。如对于加速折旧，可以缩短折旧的年限，使优惠更有力。还可以适当提高“四技”收入的免征额度，使更多企业可以享受到该项税收优惠。
（五）税收优惠环节由结果环节向中间环节侧重
长期以来有关税收优惠政策的重点都集中在高新技术产业的生产、销售两个环节，实际上是针对结果的优惠，而对创新的过程并不给予优惠。如所得税方面对高新技术企业的企业所得税采取两年免征，以后年度减半征收所得税，对企事业单位的技术转让、技术咨询、技术服务、技术培训收入30万元以下的，免征企业所得税等等。营业税方面对科研单位技术转让取得的收入免征营业税等。其基本特点是某些符合了认定条件的纳税人如果取得了科技创新收入则可免征或少征税款。用这个方法如果在取得收入以前进行了大量的科技投资，则享受不到优惠鼓励。虽然也对促进高新技术产业规模的扩大起到了积极的作用，但在这样的政策激励作用下，企业就把重点放在引进技术和生产高新技术产品上，而对建立科技创新体系和研究开发新产品投入不足，同时也造成生产线的重复引进和最终产品生产能力强大，而中间产品、配套产品及一些重要原材料开发能力不足等问题。实际上，一国科技进步的进程在很大程度上取决于对创新环节的投入，从科技创新的特点来看其事前投入大，风险也大，此过程是最需要税收扶持的，今后的税收优惠政策应把重点落在产品研究开发、技术转化环节上，促进科技创新机制的形成和完善。
（六）实现税收优惠的“受益人”向具体的科研项目、具体的开发环节转变
科技事业的发展是以全民族的科技活动作为推动力的，因此，税收优惠实施的对象即“受益人”应定位于科技活动过程和科研成果。只有这样，才能推动科技事业蓬勃全面的发展。而现行科技税收优惠措施大多是以企业作为优惠受益人。它的缺陷是无法区分企业收入中真正属于创新收入的比重。在企业多元化经营的条件下其对科技创新的刺激作用并没有发挥，而是简单地使某些具有资格的企业享受到过多的税收优惠。同时科技税收优惠不应简单地以企业的总体收入作为优惠基础，对所有结果进行税收减免，而应根据高新技术研发的特点，通过项目优惠、研究开发环节优惠，刺激具有实质意义的科技创新行为。在这方面首先应原则规定可享受优惠的研究项目或研究开发行为，确定基础研究或前期研究环节的优惠、中间试验阶段的优惠等标准，最后由企业进行申报，经核准后享受间接优惠待遇。
（七）实现税收优惠从以地域优惠为主向以产业优惠为主转变
从税收公平的原则出发，扶持高新技术企业发展的税收优惠，应尽量少用区域性税收优惠，而要以产业性优惠为导向，以项目优惠为主。首先看其是否从事高新技术产业，然后看企业所从事的研究开发项目、科技开发投入等。税收优惠应改变目前只对单位（如高科技企业、科研院所）和对科研成果的范围限制，转向对具体研究开发项目的优惠，凡是符合条件的企事业单位，不论是否处于高科技园区，都可以享受税收优惠。东部地区，高科技园区和经济技术开发区内应逐步取消税收直接优惠方式，采用税收间接优惠方式，体现产业优惠的倾向，区内主要发展各项配套措施和服务，发展成熟的高科技园区。西部地区，配合西部开发“点面结合”的发展战略，借鉴东部发展经验和教训，开发初期，可以在经济技术开发区和高科技园区实行一定的税收直接优惠，随着开发进程的推进，逐渐减少区域优惠，清理和调整东西部税收优惠差异，走产业优惠的道路。无论在东部地区还是西部地区，无论是在高新区内还是在高新区外，应该一视同仁地根据国家产业政策和科技发展的现状，将科技研究开发项目分为重点鼓励项目和一般鼓励项目，分别给予相应的税收优惠待遇，并实行科技投资项目立项登记制度和科技成果的验收鉴定制度，以便监督管理。
（八）税收优惠应进一步加大对“人”的优惠
具有熟练技能的人员、拥有丰富专业知识的人员、创造型科研和教学人员、高素质的管理人员等都是推进科技进步和高新技术产业发展的根本。对科技项目优惠也好，对创新收入优惠也罢，对科技进步的鼓励和刺激，最终都要归结到对科技人员个人纳税的科技税收优惠上。我们要改革高新技术企业的计税工资标准，最为直接和彻底的办法是比照软件行业对高新技术企业的工资费用予以税前扣除。在过渡期内，建议较大幅度地提高高新技术企业的计税工资标准，以减轻高新技术企业的实际税收负担。要强化对高科技人才个人所得税的优惠措施。对高科技人才在技术成果和技术服务方面的收入可比照稿酬所得，按应纳所得税额减征30%；适当扩大对科技研究开发人员技术成果奖励个人所得税的免税范围；同时，对高等院校、科研机构以股份或出资比例等股权形式给予科技人员个人的有关奖励，予以免征个人所得税的优惠政策，并且将这一政策规定的实施扩展到企业的范围，鼓励和提高各类科技开发人才开展科研创新的积极性与创造性。
（九）加强税收优惠政策的管理，建立“税式支出”制度，提高税收政策实际效率
税收优惠政策对促进高新技术产业化进程作用重大，而加强对税收优惠政策的管理则是维护税法严肃、实现税收公平和保证财政收入的关键。规范税收优惠政策的管理，就必须实行“税式支出”的预算管理制度，严格控制税收优惠的对象和范围，并对税收优惠的刺激效应做出客观、公正的评价。各级地方政府必须在中央的统一法律制度下执行统一的税收优惠政策，严禁以促进本地区经济发展为名，而行乱出台土政策之实，致使税收优惠政策混乱，这不仅影响中央与地方财政收入的稳定增长，从长远来看也不利于高新技术产业的可持续发展。税务部门应进一步完善对高新技术企业的税收管理，控制税收收入，防止税款流失。在高新技术企业密集的地区实行电子申报和网上咨询服务，提供优质服务，减轻高新技术企业负担。要尽快建立完善税收计算机审计制度，对会计电算化核算水平较高的高新技术企业，实行计算机审计，为高新技术企业会计核算的无纸化创造条件；加强税务机关对纳税人的服务，尽量缩短各种税收优惠政策的审批时间，使企业及时用足政策。同时要明确优惠目标，严格划清先进技术与非先进技术的界限，并制定较高的技术标准，对高新技术企业资格严加审查防止浑水摸鱼；对承担项目但混合经营的企业应对科研项目单独核算，否则不予优惠。要加强集中管理权限，实行动态管理。实行科技投资项目审查立项、登记申报制度，定期评估，加强监督，把过时或不当的项目及早剔除；实行对技术成果的验收及鉴定制度，对最终成果不合要求的，取消所得税优惠，并加收滞纳金；挪用资金者取消优惠资格，视同骗税，退还税款，追究责任，追缴罚金。
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经济转型时期的税收管理
加入WTO后资本、技术、人才国际化对税制的影响