(一)出口退(免)税有关清算期的问题。
现行出口货物退(免)税清算管理办法规定，出口货物在清算期即当年6月30曰以前未收齐退税单证或海关、外汇 电子 信息核对不上，以及未收到回函而出口 企业 在此期间又未提供举证材料的，退税机关一律不再办理该笔出口货物的退税。这项规定在具体执行中存在两个问题：一是海关电子信息核对不上，等收到海关的回函时，该笔出口货物退税已超过清算期；另一种情况是在清算期内，由于外商收到货物后违反合同不及时付款，导致企业出口贷款不能及时收回，外管局不予核销，待一切手续办齐时，该笔出口货物的退税已超过清算期。对于这两个问题，基层出口退税机关和企业在看法上存有争议，有的认为不应退税，依据是出口货物退(免)税清算管理办法有规定；有的认为应该具体问题具体 分析 ，如果是因为执法机关。如海关、外汇电子信息应有而未有，海关回函慢等原因造成就应考虑退税。因为按照《征管法》第30条规定：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应立即退还；纳税人自结算缴纳税款之曰起3年内发现的，可以向税务机关要求退还，税务机关查实后，应当立即退还。”因此，从鼓励企业出口创汇，从维护纳税人的权益考虑，应比照《征管法》规定执行，出口货物退(免)税清算管理 方法 只是属于规章。
(二)政策的多样性，增加了出口退(免)税管理的难度。
1．部分生产企业实行“免、抵、退”税政策，与实行“先征后退”相比，操作起来较复杂，从客观上讲，环节多，出现的问题也就多。因此这一方式最容易 影响 税收收入，
2．“进料加工”复出口退税政策在实际操作中容易造成征退脱节，管理难度大。主要表现在：国内购料与进口料件委托加工，国内购料退税的认定；进料加工贸易申报表的开具；抵扣税率的认定；抵扣时间的确定等，都比较繁琐。有的出口企业办理进料加工，待货物出口后不到税务局办理退税(退的少，交的多)，财务上也不作销售或在财务上采取偷梁换校手法偷逃国家税款，检查起来非常困难。
(三)出口货物按计划退税，不利于出口退税政策效用的发挥。
出口退税实行计划退税，从客观上讲，是国家宏观调控的需要，是落实国家财政计划的基本要求。但是按照国家鼓励企业出口的要求来看，就显得不够灵活，让基层出口退税机关感到不好把握，让外贸出口企业感到国家政策不稳定，随意性大，不敢放心大胆地去安排长期计划。主要表现在两个方面：一是出口退税计划指标少。企业办理出口退税，手续齐全，按政策要求理应及时足额地实报实退，一旦不能及时足额退税就会影响企业资金周转、出口贸易的 发展 。二是出口退税计划指标多时基层税务机关也有压力。在一定期间出口退税指标如果用不完，有的出口退税机关考虑到下一阶段的退税指标很可能受影响，又怕工作考核受影响，便对个别信用程度不够高的出口企业也办理预退税款手续，导致年终清算工作忙乱。
(四)新的出口商品专用发票，难以达到维持政策的规范性和统一性的要求。
从2000年1月1日起根据国家税务总局要求，对外商投资企业和外国企业出口商品所使用的发票由税务机关统一印制，套印发票监制章。从新发票的启用情况看，存在不少新问题：一是发票规格小且结构不合理。新发票统一规格为265mm×190mm，对此，由于有的外方购货单位名称 英文 字母多，有的出口企业一次性出口商品名称规格多等原因，在填写时就非常拥挤，难以反映出口货物的必要情况和特殊要求，因而造成企业在开具同一批出口商品发票时，同时使用两种发票，—种是：“新式发票”，执行税务机关要求，另一种是“老式发票”满足外方购货单位以及有关业务单位，如银行的要求。二是发票联次少，不能满足企业出口商品的业务需要。由于企业向境外客户出口商品，所经过的途径不同，国内监管及业务部门的要求不同，出口收汇的方法不同等特殊情况，所以对发票的使用联次(份)也有很大的差异，如有的企业出口商品是通过代理出口的，外方购货单位也是通过外方代理受理货物的，这就分别需要2联发票；有的企业出口商品其收汇方式是采用“议付”或“压汇”的方式与银行结算的，这样仅银行一方就需要3联发票，有的海关也要2联发票，再加上商检局、外汇管理局、税务局等，一次性需要14联发票之多，而 目前 新发票只是按一般的出口贸易方式，设置了6—8联，远远不能满足不同情形下各类出口企业的需要。造成了部分出口企业在使用新发票的前提下继续使用老发票，以解决发票联次不足问题。三是部门之间的协调不够，据一些企业反映，使用新发票到有关执法及业务部门办理手续，不受欢迎，在有些省份海关甚至不愿意要新发票，而要求企业提供老发票。另外，发票联次多了也存在问题，使用电脑一次性打印不透，到后几个联次发票 内容 就看不清楚了，不便于有关部门或企业审核、备案。
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