一、在法律上存在着缺陷。
1、依据《中华人民共和国税收征管法》第35条第6款税务机关有权核定其应纳税款情形之一是指“纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。”和第36条“企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用；不按之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。”上述两条在对增值税日常征管中已显现出法律条款制定时的缺陷，如甲乙两企业为增值税纳税人且为关联企业，甲企业为废旧物资收购企业，又符合免征增值税的一切要件，乙企业为增值税一般纳税人，甲企业通过加价形式即高于无关联的第三方价格销售给乙企业，乙企业依法取得甲企业开具的废旧物资收购专用发票的10%计算抵扣进项税额，《征管法》第35条第6款和第36条中未列明“计税依据明显偏高，又无正当理由的”情形，在增值税征管过程中找不到法律依据来对甲企业实施查处，对乙企业也未作进项税额转出的相关规定。2、关于纳税人外出经营活动管理时限的设定容易出问题。根据《征管法》实施细则第21条所称“从事生产、经营的纳税人外出经营，在同一地累计超过180天的，应当在营业地办理税务登记手续。”国税发[2003]47号文又对细则第21条作出解释为“应当是以纳税人在同一县（市）实际经营或提供劳务之日起，在连续的12个月内累计超过180天。”上述的规定在税收实际工作中遭遇尴尬一是与国际惯例不符二是按照公历计算一般半年为181天或182天或184天三是纳税人在累计至179天停业，在第181又开业或复业又只能从头算起，易造成漏管户的发生。
二、总局规范性文件与行政法规相冲突。
根据《征管法》第23条“国家根据税收征收管理的需要，积极推广使用税控装置，纳税人应当按照规定安装，使用税控装置，不得损毁或擅自改动税控装置”，这一条表明了法律赋予税务机关推广使用税控装置的权利，于是国税发（2000）183号规范性文件规定“自2000年1月1日起，企业购置增值税防伪税控系统专用设备和通用设备发生的费用，准予在当期计算缴纳所得税前一次性列支；同时可凭购货所取得的专用发票所注明的税额从增值税销项税额中抵扣”，而《中华人民共和国增值税暂行条例》中第10条第1款规定“购进固定资产”不得从销项税额中抵扣，显而易见，总局规范性文件与行政法规发生了冲突。在税收实际工作中，以“适当减轻企业使用税控系统的经济负担”来解释，也是对行政法规滞后于征管需要的无奈之举。
三、“三小票”在增值税抵扣设计上的问题。
具体表现在：1、“交通运输发票”、“农副产品统一收购专用发票”、“废旧物资统一收购专用发票”均由手工开具，没有全国统一的制式，也没有有效的防伪措施，很容易被虚开和仿制，而且不易分辨真伪，业务的真实性也较难确定，同时还存在着大量的现金交易。2、在专项检查中，发现“三小票”已从过去单一的商贸企业逐步蔓延到生产型企业，从而导致增值税纳税人由零申报、负申报向低税负正常申报转变，如“铁本”案件，淮安的“2.26”案件，“河南许昌”案件，这些特大案件的发生，不得不引起我们对外部和内部管理以及“三小票”可以抵扣进项税额的反思。
四、企业的库存商品如何处置引发争议。
在税收征管工作中，对企业的库存商品如何处置？基层一线人员普遍感到困惑或棘手，具体表现在：1、增值税一般纳税人被取消资格后仍然生产经营的，针对其未实现销售的库存商品，有的人认为应按生产型企业6%的征收率、商业企业4%的征收率征收增值税；有的人认为，未实施销售的库存商品，在购进时已被企业依法申请全额抵扣了，应按其适用税率进行进项税额转出补缴增值税，不存在重复缴税的情形，但在实际操作中这一做法又找不到法律依据。2、针对依法申请注销的库存商品如何处置，有的人认为税务机关在批准其注销之前，应将这部分未实现销售的库存商品应作进项税额转出补缴增值税，有的人认为不应作为进项税额转出，其库存商品任由自然人处置，就有可能引起恶意注销的情形发生。3、改变税务机关的纳税人，有的人认为在注销税务表中注明其库存商品，纳税人必须向迁入地税务机关提供此项资料，迁出地税务机关也可向纳税人拟迁入地税务机关网上公布其库存商品，以便迁入地税务机关对其管理。
五、对新办商贸企业界定为增值税一般纳税人的标准不一。
将增值税纳税人划分为一般纳税人和小规模纳税人运行十多年来，其有利于征管，有利于组织税收收入，确实起到了积极作用；但随着我国加入WTO后，全国范围内推行使用防伪税控开票的进程加快，又逢七月一日《行政许可法》施行，从纳税人的角度来看，将纳税人的分类带有一定的歧视性。尤其新办的商贸企业进行预认定，正式认定各地在实际操作中界定的标准不一，具体表现在：1、预认定满一年后，未达到法定销售额标准的，且又无国家税务总局列举的五种情形之一的，同时已上防伪税控系统的，有的地方对其资格予以保留；有的地方则予以取消资格；2、由于需要工商、技术监督局等部门的协同完成，又由于地方各级政府、招商办招商引资的缘故，往往引进的商贸企业注册地与实际经营地不一致，有的在同一县范围内或同一市（区）范围内，有的地方予以预认定，有的地方不予以认定；3、有的地方对新办小型商贸企业必须自税务登记之日起，一年内实际销售额达到180万元，方可申请一般纳税人资格认定，未被认定为一般纳税人之前按小规模纳税人管理，并对其实行辅导期管理制度，辅导期结束后，经主管税务机关审核同意，可转为正式一般纳税人，按照正常的一般纳税人管理。4、有的地方对设有固定经营场所和拥有货物实货的新办商贸销售企业以及注册资金在500万元以上，人员在50人以上的新办大中型商贸企业在进行税务登记时，即提出一般纳税人资格认定申请的，可认定为一般纳税人，直接进入辅导期，实行辅导期一般纳税人管理，辅导期结束后，经主管税务机关审核同意，可转为正式一般纳税人，按照正常的一般纳税人管理。
同时对经营规模较大，拥有固定经营场所、固定的货物购销渠道，完善的管理和核算体系的大中型商贸企业。可不实行辅导期一般纳税人管理，而直接按照正常的一般纳税人管理。
上述设置的各种界定标准，已到了需要制定全国统一标准的时期，或者将制定具体标准下放至省局一级。
六、考核增值税准期申报率只能是权宜之计。对基层税务机关考核增值税准期申报率只是一种内部管理措施，在现阶段现行征管模式下确实发挥了一定的积极作用，但从税法的角度来看，既然法律赋予纳税人必须按期如实申报的义务，纳税人若超越法律而超期申报，就应由税务机关给予相应的行政处罚，以起到惩戒作用，同时税务机关应做好催报催缴工作。在依法治国、依法治税的今天，设置准期申报率这一考核指标，是对基层执法信心不足的表现，不是还责于纳税人的做法。
七、现行征管模式存在弊端。现行征管模式以计算机为依托是正确的，跨区域实行集中征收在实施初期使人感到成功，随着改革的不断深入，出现以下几点弊端：一是七月一日《行政许可法》的实施，从方便纳税人的角度，需要改革纳税人从一个行政区别另一个行政区申报纳税，且易出现了排长队的现象，也增加了纳税人相应的成本；二是征收与管理条块分割，信息资源不能完全共享；三是条块分割，存在着对辖区内纳税人管理弱化，责任不清的局面，管理分局的片管员疲于应付6.0版的工作流，对辖区内纳税人生产经营状况、货币资金运用情况、税负、发票使用等情况远远不如过去“专管员”那样熟悉，容易产生监管不力，被追究行政执法过错的责任。
针对上述增值税在运行过程中存在的问题，应采取七个方面的对策，予以解决，使之完善和有效的运行。
试析电子商务对税收的影响及对策
关于改革涉农增值税的若干思考