烟草企业税收负担不均衡。烟草制品业是烟草业税收中的主要贡献者。2006年，全国烟草制品业纳税额占烟草业纳税额的比重超过80%，而烟草制品批发业纳税额占烟草业纳税额的比重不到20%.这在一定程度上也说明卷烟生产企业税负重于卷烟销售企业。这主要是因为消费税是在生产环节征收，完全由卷烟生产企业缴纳造成的。此外，卷烟消费税都由生产企业缴纳，作为价内税，生产企业把这项税费加入成本，对企业的成本压力很大，而且生产企业还没有销售出产品就要提前缴税，也占用了企业的周转资金。
烟草品牌税收负担不均衡。对于卷烟消费税，现在实行的是有差别的从量计征和有差别的从价计征复合征收办法，并以卷烟调拨价格或核定价格作为计税价格。由于我国卷烟生产企业数量众多，而且每家企业又生产多种规格和牌号的卷烟，在这种情况下，完全由税务机关来核定每家企业每种品牌、每种规格的计税价格，受各种因素的影响，计税价格的确定不可能很准确，加之某规格的卷烟计税价格确定后，一般都是1年或1年以上时间内不再变动，所以，核定结果的调整常常严重滞后于市场情况的变化，这就不可避免地造成各卷烟品牌间的税负不公和竞争扭曲。对烟草企业而言，消费税计税价格直接限制了企业卷烟产品价格的调整空间，税率直接影响卷烟产品结构。
方案
基于上述问题，笔者认为，我国烟草业税收的改革，应该兼顾烟农、烟草企业、政府和消费者等各方面的利益。根据国情，我国烟草税改革的目的应该包括三个层次：首先是控制吸烟，其次是保证地方政府收入，然后是减轻烟农负担和均衡烟草企业税负。其中，控制吸烟属于最高目标，或者说属于终极目标，“寓控于征”、“寓禁于征”只是手段，但保证地方政府收入、减轻烟农负担和均衡烟草企业税负却是必须考虑的现实问题。尽管税收不是控制吸烟的惟一手段，以及税收剥离人们的烟草依赖性的作用有限，但税收对引导人们的消费取向具有天然的调节作用，税收仍然是控制烟草消费的重要而可行的手段。另外，随着《烟草控制框架公约》的正式生效，我国作为缔约方在未来不断提高烟草价格及税收已势在必行。目前烟草业税收改革的可行选择，是首先取消烟叶税，然后提高卷烟消费税税率，两者前后衔接，并辅以配套措施。
当前继续征收烟叶税的主要原因是原烟叶特产税占地方政府税收收入的比重过高，若立即取消对产烟地区地方政府冲击太太。综合考虑当前的形势和条件，进一步改革烟叶税的方向是逐步降低烟叶税税率然后过渡到彻底取消，并按总额不变的原则相应提高卷烟消费税税率。同时，有必要改变卷烟消费税的征收环节来调整税收分配，即将现行的由生产环节征收改为在生产及批发两个环节征收，并将其改为中央与地方共享税种。在生产环节征收的卷烟消费税划归中央财政，在批发环节征收的卷烟消费税划归地方财政。
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