资源税改革中碰到的首个难题就是资源税收入的归属问题。合理的分配应该是中央和地方都从中有所收益，这样才更利于把这些收益用在全体国民身上。但考虑到目前资源税很大程度上成为各级地方政府收费的平台，为防止税改中因规范地方收费行为而导致部门利益反弹，以及治理环境破坏需要资金等，还应重视资源属地的利益，中央能否适当地让利于地方。
第二个难题是，税改后如果中央占大头而同时又不想损害地方利益，那结果必然是石油资源税比现在可能会增长数倍。但这样一来，企业肯定不会乐意。我国的许多重要资源，尤其是油气资源是被国有企业高度垄断的。可以想象，以垄断企业为首的利益主体，会提出种种理由和采取种种措施来阻碍大幅度提高资源税。其中一种可能就是把改革的代价往下游转移，最终加大消费者的支出。如果出现这样的情况，消费者将要付出双重的代价，无疑有违改革的初衷。一边是政府的企业，一边是老百姓，如何做到在企业反对的情况下不加重消费者的负担，对政府而言的确比较困难。
第三个难题是，税率的制定，特别是区别税率，要进行精心的设计。富矿、贫矿，以及不同的地区要有所差别。税率的变化最终要由消费者承担。所以，资源税的出台要与整个价格改革的进程相配套，而价格改革的进程又要充分考虑对其他行业的影响以及社会的承受能力。
三、促进可持续发展的资源税改革设想
在“十一五”规划中，我国政府明确指出：“我国土地、淡水、能源、矿产资源和环境状况对我国经济发展已构成严重制约”。在积极治理环境污染、实现可持续性发展战略目标的进程中，资源税的作用重大。为了科学合理地开发和利用资源，必须进一步完善和改革资源税。通过科学的资源税课税机制这一杠杆，将企业的生产经营活动可能造成的生态环境损失的外部成本内在化，防止企业为了自身眼前利益将资源的过度开发和环境污染的损失转移给社会和未来。通过调整资源税税率，影响资源成本、资源价格的变化，间接调控社会主义市场经济条件下的资源市场，杜绝一切非法占有利用资源和浪费资源现象的发生，促进社会经济可持续发展，更好地完成节能降耗和污染减排指标。
（一）从可持续发展和节能、减排角度明确我国资源税改革方向
我国经济发展过程中出现了资源短缺与资源浪费并存的现象，其核心原因之一是资源定价机制的不健全。建议有必要在已有的资源价值论的基础上，根据可持续发展理论重新分析资源的价值构成，从而指导资源政策。
1、对可持续发展战略的认识至少应从以下三个方面出发。（1）可持续发展鼓励经济增长。可持续发展不仅重视增长数量，更追求改善质量、提高效益、节约能源、减少废物，改变传统的生产消费模式，实施清洁生产和文明消费。（2）可持续发展要以保护自然为基础，与资源和环境的承载能力相协调，发展的同时必须保护环境。（3）可持续发展要以改善和提高生活质量为目的，并与社会进步相适应。
2、税收政策是治理环境污染保障可持续性发展的重要手段。在积极治理环境污染，实现可持续性发展战略目标的进程中，税收政策将起到不可替代的重要作用。这是由可持续性发展的内在要求和税收本身的性质、职能所决定的。影响可持续性发展的核心一环境污染问题是一个负的外部性问题，即企业的私人成本小于社会成本。税收作为市场经济下最主要的宏观调控手段之一，对负外部性经济行为具有直接、有效的调节作用。
（二）完善资源税的立法宗旨
我国的资源税立法应当树立环境保护和可持续发展的理念。使资源税在原有调节资源开采企业级差收入的基础上，更好地体现资源开采的外部性成本，使外部成本内部化，提高资源开采主体实施破坏资源行为的成本。同时，对于资源开采者所发生的任何环境保护或恢复支出在计税时给予相当有利的扣减。从而构建起“监督合理、激励有效”的资源开采和利用机制，从根本上提高资源的开采和利用效率，更好地实现资源税协调人与资源关系，保护和改善环境的作用，实现可持续发展的立法宗旨。
（三）扩大资源课税范围
从世界各国资源税的征收范围看，资源税税目可涉及到矿产资源、土地资源、水资源、森林资源、草场资源以及海洋资源、地热资源、动植物资源等，其中以矿藏资源、土地资源和森林资源为主。显然，我国现行资源税的征收范围显得过窄，仅限于七种矿产品和盐，不仅不利于资源的适度开采和保护，反而加剧了资源的过度开采和环境破坏。应按照公平税负的原则，将资源税的征收范围逐步扩展到国内的所有自然资源，按照“宽税基、低税率、少优惠”的基本思路设计。资源税的征收不但要包括矿产资源，还应逐步包括土地、森林、山岭、草原、水、动植物、海洋、空间等自然资源。只有将自然资源和社会资源逐渐纳入税收管理的轨道，合理征收资源税，国家财力得以加强，才能科学、合理地开发利用资源和保护资源。基于目前的征收管理水平，可以考虑先将国家目前已经立法管理的一些资源纳入其中，如水资源、土地资源、森林资源、草场资源、海洋资源、渔业资源、滩涂资源等。对现行资源税范围进行重新调整，将土地使用税、耕地占用税、水资源费等并人资源税，成为资源税的一个税目，从而建立起一个具所有权性质的生态物质资源税制。从长远来看，可以考虑将排污收费纳入环境税收之中，开征燃油税、水污染税、空气污染税、垃圾税等，使它们和资源税一起构建起我国的环境税收体系。
（四）完善资源税计税依据
国外的资源税基本都是依据储量来征收的，将税额与消耗的资源储量、资源利用的回采率等指标紧密联系起来。这种征税方式的最大好处在于可以促使企业最大限度地开采资源，以获取更多利润。但从量计征的征收方式，不能凸显资源的稀缺性特征。考虑到我国的具体实际，建议把资源税从量计征的征收方式调整为从价计征的方式，使税与价格紧密联系起来，让资源税从隐性变为公开，方便纳税人计算成本，也方便税务部门征收管理。
（五）调高现行资源税的税率
资源税税率过低会直接将导致资源进入市场的成本过低，不利于企业和国家经济增长方式的转变。税率设计要考虑资源开发利用对生态环境的影响和资源的可持续性价值，并在一定程度上考虑通货膨胀环境下物价指数的变化。在充分考虑市场因素的前提下，本着“不可再生资源高于可再生资源，稀有程度大的资源高于普通资源，经济效用大的资源高于经济效用小的资源，对环境危害大的资源高于危害程度轻的资源，再培育周期长的资源高于再培育周期短的资源”的宗旨，重新确定税率，适度提高资源税税率标准。除此之外，对于不可再生性、非替代性、稀缺性资源，税率的设计还需考虑资源回采率，课以重税，以限制掠夺性开采和开发。
（六）调整资源税归属为共享税
从所有权上来看，矿产资源都是国家所有。从公平分配的角度，代表国家利益的中央政府应该保持一个适当的分配比例。就目前情况来看，资源税作为共享税比较合理。同时，要充分利用资源税返还给地方的财政资金，建立一套资源开发和环境保护补偿机制，作为农民利益和生态环境的补偿。按照“分步实施。逐步到位”的原则，综合考虑资源有偿使用和资源税改革进展情况及矿业企业承受能力，研究分步调整矿产资源补偿费费率，并建立与资源利用水平相联系的浮动费率制度。
（七）税费并存，各自发挥不同的调节作用
基于我国的国情，借鉴国际上的通行做法，在今后较长的时期内，税费并存应是我国资源税费制度改革的一个基本思路。一是资源税作为普遍调节的手段，其主要作用是调节资源的级差收益，促进资源的合理开发，遏制资源的乱挖滥采，使资源产品的成本和价格能反映出其稀缺性。通过征税，为政府筹集治理环境的必要资金，维护代际公平。二是权利金或特别收益金作为特殊调节手段，其主要作用是调节暴利，维护国家的权益和社会公共利益。当然，权利金或特别收益金并非只针对石油，建议对一些价格暴涨的矿产资源产品（如铜、钨等有色金属）也应适时开征权利金或特别收益金。三是矿产资源补偿费作为专门的调节手段，其主要作用是保障和促进矿产资源的勘查、保护与合理开发，提高对矿产资源的有效利用，控制资源开采过程中的“采富弃贫”现象。四是探矿权使用费、采矿权使用费作为行政性收费，其主要作用是促进矿业主管部门的管理和监督，加强对矿业企业勘查、开发的科学指导。
（八）完善资源税税源监控机制
一是税务登记的源泉控管。首先应该从登记这一源头切实加强纳税人的户籍管理，严格登记管理制度，建立以工商、矿产、安监、公安注册登记为源头的信息网络体系，建立健全资源税重点税源监控和税收源泉控制机制，防止漏征漏管。二是完善属地征收管理，提高税收征管效率。
（九）强化配套改革
我国的资源税改革已经超出了税制优化本身的意义，背后隐含着关系经济社会发展的重大战略内涵。目前我国的资源消耗量已占世界消耗量的较高比例，相当一部分资源依靠进口维持，这使得经济高增长的后续基础并不稳定，“高投入、高消耗、高污染”的粗放型经济增长方式需要改变。发展和谐社会也要求可持续发展。此外，当前国内经济失衡的根源之一就是资源要素价格体系扭曲。从长远来看，资源税制改革的步伐已难以停滞，除了针对税种本身的问题进行改革之外，还必须注意相关的配套改革，包括资源价格体系的改革，以及弱化由于资源垄断而导致税负向消费者的过度转嫁。其次，不同主体的利益博弈和协调很重要，包括国有、民营和外资资源企业的利益协调是最大的改革难点。
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