1，彻底取消对农民征收的农业税、农林特产税、“三提五统”和其他税外收费摊派，将 目前 分5年改为分3年。农村税费改革从以税代费转变为费税全免，城乡实行一元化的统一税制，即对从事农产品生产和交易的农民与工商 企业 一样课征增值税和个人所得税，不征收针对农民的特别税。这样彻底取消乡村政府收税收费权力，割断基层政府向农民摊派、搜刮的渠道，这对保持农村地区安定稳定，从而保证国家长治久安，将起不可估量的作用。
2，将农民负担的间接税（“新四重”的第一、二重，近5000亿元）通过逐年增加对农村地区提供必要公共产品（包括县乡村政府运行费用）的方式整体地逐年地返还给农民。这种返还不是实行由中央政府每年安排5000亿元专项资金办法，这不现实、也不可能，而是实行逐年实现、各级共担、整体返还、适当调节的办法。
逐年实现即分3年或5年从每年增加的财政收入中安排，逐年增加。如果通过间接税，暂时无法满足需要，国家也可动用包括国债、外汇储备金、土地批租拍卖收入、甚至适度增发货币等办法增加农村地区专项基金账户的资金数量。同时下决心停止楼堂馆所等奢侈品建设，节约资金，加大农村地区公共产品的投入。
各级共担即中央、省、市、县四级按各级政府获得的间接税数额以32%（农民负担的比率）的比例提取作为基数，转为农村地区专项基金账户。
整体返还即不是将钱平均分给农民，而是将农村地区专项基金用于乡村政府管理费用、乡村路网建设、义务 教育 、对贫困线以下的农村居民实行全面低保、农业 科技 成果推广、农业信贷保险、合作组织试点、优秀人才“上山下乡”奖励等，将农民负担的间接税整体地返还给农民(具体措施笔者将另文专论)。
适当调节即富裕地区农村专项基金账户的一定比例转以不发达地区。
采取上述措施，国家虽然要在短期内承受一定的财政压力，但因根本上解决了长治久安问题，有利于实现 科学 的 发展 观和“五个统筹”的战略，会获得长久的 社会 和 政治 效益，同时也会促进内需的极大增长，保证 经济 可持续发展，从而增加财力。
3，在上述措施的基础上，再通过适当的制度安排解决“暗税”问题。首先，完善土地产权制度，按照市场办法评估土地价格；建立土地划拨、征用足额补偿制度或农民参与土地收益分配的制度，让城市化、工业化过程中失去土地的农民通过各种市场的方式（如地权转为股权、地权转为租权）参与土地非农化后经营收益的分配。其次，将发展农村合作组织作为重要的公共产品，加大投入力度，促进农民合作组织的试点工作。由于我国农民从来就缺少协作特别是家族亲友以外的协作的习惯。因此在我国的特有国情下，合作组织难以由农民自发形成，也很难由市场机制推动建立，必须将发展农村合作组织作为公共产品，由政府加以推动。通过建立合作组织，让农民组织起来，逐步具有市场主体的地位和力量，从而有能力在购买或销售时进行价格谈判，最终消除“工农产品价格剪刀差”。
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农村税费问题的制度性检讨