Ｗａｔａｎａｂｅ等首先利用限制性片断长度多态性ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｌｅｎｇｔｈ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，简称ＲＦＬＰ分析了家猪包括亚洲猪和欧洲猪、日本野猪的ｍｔＤＮＡ限制性酶切图谱，结果发现亚洲猪和欧洲猪存在着很大的遗传差异，表明两者应有独立的起源。Ｈｕａｎｇ等对２９个中国地方猪种、１个欧洲猪种以及野猪的ｍｔＤＮＡ也进行了ＲＦＬＰ分析，除证实了Ｗａｔａｎａｂｅ的研究成果之外，还发现中国野猪与中国家猪更为接近，暗示着中国地方猪可能只有一个单一起源。Ｇｉｕｆｆｒａ等测定了来自欧洲和亚洲野猪、家猪中ｍｔＤＮＡ细胞色素ｂ的全编码序列、ｍｔＤＮＡ控制区的４４０碱基序列和三个核基因碱基序列，经系统发育分析后发现，一些家猪的ｍｔＤＮＡ序列与欧洲野猪密切相关，而另外一些则与亚洲野猪密切相关，表明家猪应分别缘自欧洲和亚洲野猪的驯化。之后，蒋思文等对中国９个品种的１４０头猪的线粒体控制区４４０ｂｐ和细胞色素ｂ基因７９８ｂｐ的作了系统发育分析，而Ｋｉｊａｓ等对中国梅山猪、瑞典长白猪以及两个欧洲野猪的ｍｔＤＮＡ作了近全序列分析，其结果均证实了欧洲家猪和亚洲家猪分别起源于亚洲野猪和欧洲野猪，即现代家猪有着两个母系起源。
此外，各学者还利用“分子钟”理论估算了家猪的起源时间。Ｈｕａｎｇ等首先根据哺乳类动物ｍｔＤＮＡ每百万年２％的进化速率，估算出欧洲家猪和中国家猪可能在２８００００年前来自同一祖先。Ｇｉｕｆｆｒａ等则认为两者分离的时间大约为５０００００年前。Ｊｉａｎｇ等的研究成果揭示了中国地方猪种和欧洲野猪的ｍｔＤＮＡ序列变异发生在４１３０００－８７５０００年前，亚洲野猪的变异发生在７０００－１５６００年以前，即亚洲家猪的驯化发生在７０００－１５６００年前。Ｋｉｊａｓ等估计亚洲家猪与欧洲家猪的分离时间为９００００年前。从以上数据可以看出，利用分子生物学推断出家猪的起源时间绝大多数远早于考古实物资料，其原因尚需进一步研究。需要指出的是，各项研究估算家猪起源时间的显著差异，与分子标记及核苷酸序列的不同选择密切相关。
中国国土辽阔，养猪历史悠久，各地气候和自然环境差异很大，形成了众多的中国猪种。研究指出，若按自然地理环境条件、社会经济条件以及外形、生态特点来考虑，中国家猪可以分为：华北型、华南型、华中型、江海型、西南型和高原型等六大类型。至于中国家猪的起源问题，兰宏等利用ＲＦＬＰ技术，分析了我国西南地区家猪和野猪的ｍｔＤＮＡ，发现西南地区的家猪与当地野猪极为相近。而常青等对华东地区家猪和野猪的随机扩增多态ＤＮＡＲａｎｄｏｍ Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙｍｏｐｈｉｓｍ ＤＮＡ，简称ＲＡＰＤ作了分析，结果表明：长江下游江苏地区家猪的品种或类群内，变异幅度相对较小，群体的遗传趋异程度处于较低水平；而华东地区的家猪和野猪可能起源于一个共同的祖先。之后，Ｈｕａｎｇ等和Ｊｉａｎｇ等的研究成果，均证实中国猪种的遗传资源缺乏，其暗示着中国家猪的单一起源，而各地猪种的不同表型应为人工长期选择的结果。
聚合酶链式反应ｐｏｌｙｍｅｒｉｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，简称ＰＣＲ技术的出现和成熟，使人们可望通过古代猪骨ＤＮＡ的分析，更直接地探索家猪的起源与进化。２００２年，Ｗａｔａｎｏｂｅ等根据ｍｔＤＮＡ控制区域的核苷酸序列分析，复原了日本冲绳岛考古遗址出土猪骨的ＤＮＡ，并对其与现代野猪、琉球群岛、日本岛、亚洲大陆等地家猪之间的关系进行了探讨。他们指出，古代猪系东亚家猪血统，与琉球群岛的本地野猪相关；清水贝丘（ｓｈｅｌｌｍｉｄｄｅｎ）遗址弥生－和平时代，Ｙａｙｏｉ－Ｈｅｉａｎ Ｐｅｒｉｏｄ出土的猪，出现一个独特核苷酸的插入现象，表明其与琉球群岛的现代野猪有所不同，反映了在弥生－和平时代早期或更早一些时候，亚洲大陆的家猪已被引入到冲绳岛。综上所述，不难预见，随着分子生物学理论和技术的不断成熟，利用古代ＤＮＡ技术，探索家畜起源及发展的工作必将日益增多。
从祭祀用稻看旱田陆稻先于水田水稻
彭头山文化的稻作遗存与中国史前稻作农业