此外，个体分散经营带来的高交易成本，农业比较利益低下与支援工业化的任务．解决民贫与国弱孰先孰后等等．都是农业合作面临的难题。
四、突破诱致性变迁与强制性变迁选择上的两难困境
上述难题，归根结蒂是制度变迁方式选择的问题。要化解高交易费用，国家不惜改造传统的社区治理机构．强化意识形态贯输．追求对旧政治制度、旧产权制度、旧意识形态的迅速替代。由此带来的一厢情愿，却造成制度安排的无效率状态。但如果听任制 度安排自发的创新 ，在建国前不足最低规模经济的基础上，实现最低规模经济尚是一道难题，如何满足国家追求最大规模经济以实现产出和租金最大化的愿望呢？建国后特别是高级社后的农业合作制度变迁，因规模较大而产生过高的监督成本，同样陷于无效状态。这似乎已经说明，从诱致性变迁与强制性变迁二者中任选其一，都难免要陷入制度变迁方式选择上的困境。
透过1978年后以诱致性为主的制度变迁，我们看到：农业合作制度变迁中，诱致性变迁易导致供给不足、强制性变迁易忽视初级行为主体利益的难题，居然有了破解可能，这就是使初级行为主体具有活力．不断实施创新，国家理性地做最终决策。形成一个上上下下协调实施制度变迁、诱致性变迁与强制性变迁配套进行的良性状态；这就是卞流意识形态趋向弹性、包容并与其他的意识形态协调的和谐状态；这就是正式制度安排的变迁较多的照顾到初级行为主体的传统、观念、习惯的宽松状态；这就是制度变迁不抛弃过去的路径并在过去的路径上大胆的不断创新的理性状态……无疑，这一状态将不断接近制度变迁的最佳状态——制度安排协调配套实施从而使制度供给与制度需求渐近均衡的的状态。我认为，这是中国农村改革最大的贡献之一，也是1978年以来这一轮全局性改革最成功的经验之一。
综上所述，农业合作中面临的难题，可以归结为对诱致性变迁与强制性变迁的两难选择问题；‘因此，破解难题的手段就是努力使诱致性变迁（创新）与强制性变迁（创新）配套协调实施。农业合作的实践反复证明，只有这样才能接近甚至达到制度变迁最佳状态——制度供给与需求均衡的状态。
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